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1、加工过程的营养损失
小麦的很多营养成分在加工成面粉后即有大量损失，一般来说，小麦的加工精度越高，面粉营养价值就越低，因为加工精度越高，富含矿物质和维生素的糊粉层被分出的越多。
2、储藏时间和方式导致的营养损失
小麦存放时间不当，导致小麦陈化、霉变、虫蚀、发芽等会影响其营养品质。在储存时，部分营养素被氧化，随时间失去活性，部分物质被微生物用来繁殖，另一方面，微生物又产生有毒物质，使小麦失去食用价值。
3、其它方式导致营养损失
另外，特殊处理小麦粉也会导致营养的损失，例如小麦粉的增白剂处理会破坏VE，碱性添加剂会破坏VB1等。面粉在制品过程中营养素也会损失，比如，油炸等高温烹饪会大量破坏维生素。
后熟期对面粉质量的影响 
